共青团沈阳药科大学委员会（以下简称“校团委”）设有组织部、宣传中心和社会实践与志愿服务部，下设校国旗仪仗队。目前，校团委联系、指导7个学院分团委和1个学院团总支开展工作；指导学生会、研究生会、广播站、大学生艺术中心、社团管理中心5个学生组织开展工作；管理和指导学生社团开展活动。

多年来，校团委始终坚持在学校党委的领导、上级团委的指导下，紧密围绕学校中心工作，牢牢把握“立德树人”的根本任务，以“凝聚青年、服务大局、当好桥梁、从严治团”四维工作格局为统领，深化实施“思想引领、素质拓展、权益服务、组织提升”四项行动，为学校党政中心工作、学校共青团事业的可持续发展和广大青年的成长成才贡献智慧和力量。